La misión del Servicio de Aparato Digestivo es ofrecer a sus usuarios servicios sanitarios de alta calidad, especializados en las enfermedades digestivas, acordes con los intereses de los usuarios y ejecutados de forma eficiente, contribuyendo al mismo tiempo al progreso del conocimiento científico necesario para la práctica de la especialidad digestiva mediante el desarrollo de líneas de investigación, y a la transmisión de ese conocimiento y el entrenamiento en habilidades mediante la actividad docente.
La visión del Servicio de Aparato Digestivo es ser referencia en cuanto a eficiencia clínica en la asistencia sanitaria especializada digestiva, alcanzando niveles altamente competitivos en la investigación clínica y en los resultados de la actividad docente, integrando su actividad en un marco de plena identificación con los objetivos definidos por la sociedad a la que sirve.